判断亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离法。根据这一规律，当配子细胞形成时，成对的等位基因相互分离，进入各自的配子细胞。精子、卵细胞受精形成子代，儿童的两个基因组一个来自母亲，另一个来自父亲;因此，相同的等位基因是一个来自母亲，另一个来自父亲。如果鉴定结果符合这一规律，则不排除亲生关系。如果不符合，则排除亲生关系(变异除外)。在大多数情况下，母子关系是已知的，需要鉴定假设父子是否有亲生关系。此时，首先从母子基因型的比较中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因(生父基因、OG)。然后观察假设父亲的基因型。如果没有生父基因，可以排除假设父子之间的亲生关系。假设父亲也有生父基因，结果不能排除假设父亲的亲生关系。假设母亲是FGA-22/23型，孩子是22/25型，从比较中可以确定生父基因是FGA-25型。在这种情况下，假设父亲1是FGA-22/24型;假设父亲2是24/25型。其中，假设父亲1没有生父基因25，可以排除他与孩子的亲生关系;相比之下，假设父亲2因为FGA-25而与孩子有亲生关系。

　　DNA亲子鉴定实验的操作步骤如下：

　　第一步：DNA提取。

　　提取样本细胞核中所含的DNA，然后进行一定程度的净化，去除样本中的杂质。

　　第二步：PCR扩增。

　　PCR的中文被称为聚合酶链反应。简单地说，PCR扩展的步骤是通过酶反应在PCR仪器上复制我们需要的片段，并将其放大到一些特殊仪器可以看到的程度。

　　第三步：后PCR反应。

　　这一步主要是在ABI测序仪检测的准备阶段，打开双链DNA，添加一些检测内部标记，主要用于标记检测的片段长度。

　　第四步：毛细管测序仪检测。

　　由于DNA有电荷，通过毛细管电泳的方法，不同片段DNA长度的电泳速度不同，在相同的电压下，相同的电泳时间，游泳距离不同，这些长度和不同的距离可以通过早期区分，可以通过一定的软件显示在计算机上，方便检测人员处理和分析数据。

　　第五步：分析数据，出具报告。

　　主要是检测人员对结果进行分析、汇总、计算，然后出具鉴定结论和报告。